为加皇权，秦始皇加了思想控制，其中最主要的措施就是焚书坑儒。

秦始皇见卢生等人寻求仙药长久不得，心中生疑，但是因为寻求仙药之事早已天下皆知，而且秦始皇也自称“真人”，所以仍希望会找到仙药。可是，卢生等的逃使得咸百姓议论纷纷，秦始皇知后，大怒，说：“朕先前收尽天下不用的书，尽毁去；然后召集天下方士儒生，优待他们，以求太平，炼寻仙药，可是徐福等人竟一去不回，卢生等人还在背后诽谤朕，妖言惑众，朕要一一查问卢生在咸的同伙。”于是秦始皇下令审讯儒生，这些人互相告发，共查得460人，全被活埋于咸城外的骊山温谷。所以，骊山温谷也叫坑儒谷，据说到现在这个地方的土全都是红的。

公元前213年，秦始皇在咸中举行盛大宴会，庆祝寿诞，参加宴会的有文武百官及博士70人。

秦始皇坑儒是由几个方士的畏罪逃亡引起的。

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随着统一大业的完成，秦始皇祈求长生的望越来越。早在公元前219年，秦始皇东巡，来到齐国故地。齐地的方士徐福投秦始皇所好，告诉秦始皇东海中有蓬莱、方丈、瀛洲三座仙山，并宣称只要挑选数千名童男、童女，乘几十艘大船，带足礼，便可海求见仙人。秦始皇竟信以为真，随即徐福所说的去，结果徐福率船东渡，却一去不回。

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宴会上，周青臣对秦始皇讲了一些歌功颂德之辞，让秦始皇十分兴；淳于越再次提了分封制的问题，于是秦始皇命众臣对淳于越的观行讨论。此时，已担任丞相的李斯对秦始皇说：“五帝不相复，三代不相袭。”认为不同的时代，有不同的统治方法，那些儒生借古非今，使得百姓的思想混。因此，李斯向秦始皇建议：“臣请吏官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语《诗》、《书》者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药卜筮树之书。若有学法令，以吏为师。”秦始皇据李斯的建议，下令在全国“焚书”。第二年，秦始皇又行了坑儒。

秦始皇“焚书坑儒”虽然加了思想控制，但是，对于中国文化来说，则是一次严重的摧残，标志着封建文化专制主义的到来。

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后来在公元前215年，秦始皇又派方士卢生去寻找仙人及长生不老的仙药，但是卢生仍旧是空手而归。他还以谎言蒙骗秦始皇说：“臣等寻求仙药，因为有妨碍的东西，所以常常不能遇到。只要皇帝常秘密行，居地无人知晓，真人就会到来，长生之药便可求得。”秦始皇对卢生的话信以为真，并说：“朕十分仰慕真人！”还照卢生的话去。但是卢生等人还是没有找到仙药，他们知不可能永远隐瞒欺骗下去，于是便四散步言，说仙药求不得是因为秦始皇独断专权，格暴躁。然后卢生带着骗取到的钱财偷偷地逃离咸。