神宗即位后，他任右佥都御史巡抚应天知府，打击豪，平反冤狱，大修利，推行一条鞭法，为民众了很多好事，受百姓。但海瑞不肯迎合上官，一贯恃才傲的宰相张居正亦不免暗怀嫉恨，终于把海瑞第三次排挤朝。

海瑞罢官：

有一次，京里派御史鄢懋卿到浙江视察。鄢懋卿是严嵩的儿，敲诈勒索的手段更险。他每到一个地方，地方官吏要是不“孝敬”他一笔大钱，他是决不会放过的。各地官吏听到鄢懋卿要来视察的消息，都一筹莫展。可鄢懋卿却装一副奉公守法的样，他通知各地，说他向来喜简单朴素，不奉迎。

自嘉靖三十七年（1558年）之后，世宗对严嵩渐不满，而对大学士徐阶更为信任。方士蓝行和严嵩有矛盾，利用扶的机会，借仙人之指严嵩父是臣，明世宗便产生了罢免严嵩的想法。御史邹应龙探知明世宗意图，在徐阶授意下，于嘉靖四十一年（1562年）五月十九日上疏弹劾严嵩父索取贿银、卖官鬻爵、广置田宅，奏请斩杀严世藩，罢免严嵩。明世宗遂以严嵩放纵严世藩有负国恩为由，令其辞官还乡，并捉拿严世藩及家严年狱。

海瑞听说鄢懋卿要到淳安来，就给鄢懋卿送了一封信，信里说：“我们接到通知，要我们招待从简。可是据我们得知，您每到一个地方都是天酒地，大摆筵席。这就叫我们不好办啦！要通知办事，怕怠慢了您；要是像别的地方一样大肆铺张，又怕违背您的意思。请问该怎么办才好？”

通过这件事，鄢懋卿对海瑞怀恨在心。后来，他在明世宗面前狠狠告了海瑞一状，海瑞被撤了淳安知县的职务。

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海瑞（1514年～1587年），自号刚峰，生峭直严厉，不肯阿上，又清苦自律，力摧豪，厚抚穷弱，所以受百姓拥护，而经常忏当，曾经三次丢官，一度狱。

万历十三年（1585年），海瑞在赋闲16年后，以72岁的龄被召为南京右都御史。他作风不改，依旧是一心为民，两袖清风。万历十五年（1587年），海瑞病殁任上。海瑞去世后，无分文，连为其办理丧事的钱也是大家捐集而成。发丧时，农辍耕，商罢布，号哭相送数百里不绝。后来赐谥“忠介”。

鄢懋卿看到这封揭他老底的信，气得咬牙切齿。但是他早听说海瑞是个铁面无私的汉，心里有害怕，就临时改变主意，绕过淳安，到别去。

他20多岁中了举人后，被调到浙江淳安知县。海瑞到了淳安，认真审理过去留下来的积案，不什么疑难案件，到了海瑞手里，都一件件调查得落石，从不冤枉一个好人。当地百姓都称他是“海青天”。

那时候，明世宗已经有20多年没有上朝了，他整天躲在里跟一些士们鬼混，一些朝臣谁也不敢说话。海瑞虽然官职不大，却大胆写一奏章向明世宗劝谏，把明王朝的昏庸腐败现象痛痛快快地揭来。

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严嵩倒台后，鄢懋卿也被充军到外地，海瑞恢复了官职，后来又被调到京城官。

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海瑞这奏章在朝廷引起了一场轰动，更怒了明世宗。明世宗看了奏章后，又气又恨，下令把海瑞抓了起来，给锦衣卫严刑拷打。直到明世宗死了，海瑞才被释放。

嘉靖四十四年（1565年）三月，严世藩被斩。严嵩被罢黜为民，寄墓舍，于隆庆元年（1567年）死去。江西巡抚成守节奉令抄没严嵩江西的家产，查得黄金3万多两，白银202万两，府第房屋6600多间，田地山塘27000亩，珍珠宝石不计其数。

可是在浙江淳安县里，有一个小小的县官却能够秉公办事，对严嵩的同党也不讲情面。他的名字叫海瑞。

严嵩掌权时，不仅他的自家亲戚，就连他手下的同党，也都是仪仗权势作威作福之辈。上至朝廷大臣，下至地方官吏，没有谁敢不让着他们几分！