此后，他又亲赴清营谈判，请求四川总督骆秉章奏请太后，赦免士兵，愿意务农的就放他们回家，愿意当兵的就编军队。骆秉章不但拒绝了石达开的请求，不背信弃义地于当晚下令以为箭为号，袭击了石达开的队伍。一夜之间，2000多名起义军官兵遭到了血洗，侥幸逃脱的寥寥无几。

石达开之死，预示了太平天国离覆灭不远了。

石达开被捕后被押往cd他对审讯他的骆秉章说：“成则为王，败则为寇。今生是你杀我，怎么会知来生不是我杀你呢？”不久，他被凌迟死。石达开从行刑开始到停止呼，昂然立，神情镇定，没有一畏缩的表现，不发一声痛苦的，连清军都不得不叹：“真奇男啊！”此时，石达开年仅33岁。

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太平天国运动历时14年，战火烧及10多个省，最终在中外反动势力的联合绞杀下失败。

天京事变破坏了太平天国的内团结，削弱了军队战斗力，给太平天国事业带来了不可弥补的损失。



军打得抱鼠窜，革命形势一片大好。可是没几年，太平军发生了内讧，东王杨秀清竟然洪秀全亲自到东王府封他为万岁。洪秀全一面答应这个要求，一面密令北王韦昌辉和翼王石达开回京理这件事。北王韦昌辉对杨秀清早就怀有不满，接密令后，立即率军回天京，于1856年八月初三夜包围东王府，第二天清晨将杨秀清及其眷属、家丁、署全杀死。八月中旬，石达开从湖北赶回天京，对韦昌辉滥杀的行为行批评，韦又杀了石达开全家，幸好石达开逃脱。韦昌辉还想趁机谋害天王洪秀全，但终未成功。韦昌辉的滥杀激起了天京太平军将士的愤怒，将士们面见天王洪秀全，请求将韦昌辉杀死，洪秀全答应了这个请求，于十月将韦昌辉死。十月底，石达开回天京，受命理政务。但杨、韦事件后，洪秀全对石达开也心存戒心，于是封了自己的兄弟洪仁发为安、福二王，以牵制和削弱石达开的势力。

不久，石达开愤而走，不带去了十几万的太平军。他先在江西、福建等地转战，后来率领队伍开向湘桂川一带活动。此后，军心开始涣散，渐渐陷困境。先是卫辉应、张志公、鲁宏等人叛变投敌，分人因思念亲人和条件艰苦也离开队伍。后来，吉庆元、朱衣等人因看不惯石达开的消沉和元宰张遂谋的专横，率回归了洪秀全的统率之下。

1863年，石达开的队在大渡河南岸的紫打地（今石棉县安顺场）被清军及当地的反动土司围困，陷绝境。石达开知突围的可能微乎其微，便以太平天国圣神电通军主将翼王的份，给松林地区的总领王千写了一封信。信中阐明了自己战斗到底的立场，同时希望王总领以大局为重，认清形势，早日退兵让路。

虽然洪秀全为了弥补太平天国的损失，培养了李秀成等一分新生力量，并取得了一些成就，但还是没能改变太平天国灭亡的命运。同治三年（1864年）正月，李秀成率攻曾国藩大营时，反被湘军攻陷天保城，湘军而向天京东北太平门及神策门外，将天京团团围住，太平军粮源断绝。同年四月二十七日，洪秀全去世。五月初三，洪秀全长洪天贵福继位，为幼天王。月底，地堡城失守，湘军借居临下之优势对天京城日夜不停地行炮击，同时挖掘地准备用炸药轰城。六月十六日，轰塌天京城墙20多丈，天京失陷。李秀成、林绍璋等人保护着幼天王突围城。九月二十五日是，幼天王在江西石城荒山之中被清军俘获，并在十月二十日于南昌被害。