海上发起的突然袭击，也没有忘记布吕埃斯提到过的法国海军舰队的命运对这次战役的成败将是决定的。

毫无疑问，拿破仑和布吕埃斯都不知，当法国舰队还在土待命发时，英国海军少将纳尔逊的舰队在5月9日已经驶抵直布罗陀海峡。纳尔逊的使命虽说是在地中海上摧毁拿破仑的法国舰队，但是他直到5月28日才得知法国舰队并未驶往直布罗陀而是在向未知的目的地发，而此时两支舰队之间已经相隔800英里了。

6月2日，布吕埃斯担心的事情似乎发生了，法国人发现远方的“英国船只”，他们确信无疑这是英国地中海舰队的先队。布吕埃斯立即下令4艘74门火炮的战舰和3艘三桅快舰前往侦察。

惟恐运输船落英国人的虎，布吕埃斯下令船队形成攻击队形尽快驶向耳他。布吕埃斯计划在数天内攻占耳他，若久攻不下，耳他就有可能召来英国人救援；那样一来，可能使远征埃及的计划推迟甚至永远无法实现。

耶路撒冷圣约翰骑士团，又称耳他骑士团，是1113年十字军东征时成立的。1187年耶路撒冷失落后，他们在有战略地位的罗得岛建立了新的家园。1522年，中东奥斯曼帝国大的土耳其苏丹占领了该岛。1530年，哈布斯堡王朝在耳他岛为骑士团找到了一个新的避难所。他们在岛上修建了大的城墙，同时有大量的火炮。1565年，土耳其人又对耳他发起攻击，但很快发现这是个错误。虽然土耳其人用几百艘战船和上万军队对耳他围困了233天，最后还是无功而返，只抛下了3万土耳其人的尸。

1797年12月，在督政府授权远征之前，拿破仑曾经派使者带着一箱金秘密使耳他，对耳他的守军和地形行侦察，并用金买通了守军人员。1798年3月3日，使者回到黎给拿破仑带去了详尽的军事报告。

尽耳他有着数英里的城垛，但拿破仑对其详细军事布局已了如指掌。耳他守军中有10；000民团（只在急情况时使用），大分是未经训练和没有参加过任何战争的平民百姓。事实上，这里只有1；500名守备军和900门古老的大炮（多数大炮从来没有使用过）据守着城墙，守备军中仅有322名骑士，其中50名年事已，只有272名尚能舞枪刀，而这其中就有200名事实上是法国人。基于这样的背景，加之数量可观的贿赂，1798年6月，拿破仑自然轻而易举地攻下了这个岛屿。

6月8日，布吕埃斯的舰队终于见到了耳他岛，他们发现来自契维塔韦基亚的德的小舰队和德克里斯的护航三桅快舰已经在那里等候着他们了。次日，总计365艘战船的舰队经过21天的航行终于在瓦莱塔抛锚停泊了。

不用说，6月9日，当耳他人一觉醒来，在这个地中海上的古老海港发现前的大海上是一望无际的军舰和如同“浮动的森林”般的桅杆和樯帆时，不禁大惊失。同样，法国海军军官在他们的望远镜里发现岛上貌似攻不破的城垛和要时，也是焦虑万分。

既要攻占该岛，又不想以“征服者”姿态现，拿破仑给瓦莱塔的守军发信号，要求允许整个舰队港补充淡。10，岛上回答：每次只准4艘船港加。这很好，为了攻击他们“总是需要借的，无论是什么借”。德将军得到命令立即登上“东方”号与总司令商量作战署，决定从4个方向向该岛发起攻。