从舰队到达埃及域并在阿布基尔湾抛锚停泊起，倒霉的布吕埃斯没有遇到过一件顺利的事：首先，他在错误的地方行了组织得很糟糕的登陆行动；接着，在7月3日，贝尔埃告诉他，拿破仑对于他“在法军攻亚历山大时，没有封锁亚历山大新港，导致4艘大的埃及商船逃到海上，到非常不满”。布吕埃斯没有接到任何命令让他离开阿布基尔海湾去拦截商船，再说，他必须在大风暴中维持庞大的舰队不被散，并将人员和装备尽快登陆。7月4日，拿破仑又命令布吕埃斯将舰队驶亚历山大旧港，条件是“如果风力减弱，允许的话”。

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由于拿破仑在战前没有认真收集研究地质文资料，他不知自己的舰队是否可能驶这个重要的海港。他要求布吕埃斯测量，明确报告舰队能否港，或是能否在阿布基尔海湾停泊并抵御敌舰的攻击，如果敌舰力量甚为大，则将舰队撤至科孚海峡（据报告，纳尔逊的舰队实力和布吕埃斯的旗鼓相当，法国舰队载有1；287门火炮，英国舰队载有1；012门火炮，因此撤往科孚海峡的理由不充分）。

和以往一样，拿破仑下达命令时从不考虑别人如何执行，或是否有可能执行。用手工探测海港的确定又大又重的战舰是否能够通过，即使对最熟练的手来说，也是个费时的工作。这工作往往需要数周的时间，而不是如拿破仑认为的那样只要一两天就能完成的。后来，拿破仑对布吕埃斯的命令改为舰队暂时停泊在阿布基尔，除非遇到实力甚为大的敌舰队。

7月1日，开始混的登陆行动，7月3日，布吕埃斯给拿破仑送信，祝贺他攻占亚历山大，称之为“继续获得成功的令人愉快的先兆”。他告诉拿破仑虽然初步的探测结果“并不令人满意”，他将立即着手行探测的工作（结果同样不令人满意）。但是，他提，他的舰队不能继续停泊在阿布基尔湾，因为，如果“同等实力”的敌人海军舰队此时到达的话，他们“完全能够摧毁我们的整个舰队……如果我不幸

布吕埃斯的舰队之所以至今还停泊在这个易受攻击的开阔海湾，是有原因的。布列纳和贝尔埃之所以能和拿破仑成功合作，是因为他们在某程度上能够对拿破仑察颜观，琢磨他多变的念。布吕埃斯则不然，他对总司令了解不，也不善于应付复杂易变的形势。作为一个缺乏想像力的职业军官，他只知执行确切的命令和的目标。他是个诚实、勤奋、彻底的人。他亲目睹他所属的贵族阶级是如何在1793年和1794年的大革命恐怖中垮台并被大批死的。同时，也看到路易十六一手心创建的法国皇家海军是如何沦为一支只有少数几个级将领指挥的、军纪涣散、指挥不力、理混的队的。这几个在共和国铁腕下幸存的级将领，虽目睹了自己的家人和朋友因贵族血统而被死，仍然愿意为共和国效劳。现在的法国海军就是由他们指挥的，他们——包括舰队司令布吕埃斯在内——都终日诚惶诚恐、小心翼翼，生怕随时可能飞来的横祸和斥责。布吕埃斯不会忘记1793年他曾经因其贵族血统而被革命政府视为“嫌疑分”；直到1795年才官复原职，次年11月升任海军少将，指挥奥尼亚群岛和科孚海峡战役。革命造成的混使他到迷茫。现在，在埃及，在一个他尊敬但却不甚了解、而且永远无法理解的年轻人手下，他更加迷茫。拿破仑对于控制自己边的人有一诀窍，他将布吕埃斯打造成了一个听其摆布拍他的人、一个受到大革命震慑的人、一个他可以随心所加以支的穿号衣的仆人，布吕埃斯和难以对付的海军长布律克斯是完全不同的两人，后者有一副伶牙俐齿、极其自尊、不向任何人低。