除了对国家的军事制之外，拿破仑在开罗建立了有力的三人行政委员会，由蒙日、贝托莱和夏尔·嘉隆组成。

阿布基尔海战前在舰队行的那不服从命令的风气现在已蔓延到了陆军。8月18日，贝尔埃命令梅努将他指挥的炮舰和战船给新提升的海军少将佩雷指挥时，梅努大声反驳他的上司：“我在这里已经是一无所有了，现在你又要我我惟一的能用于自卫的炮舰和战船……我正式表示拒绝。”

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这其中最难的是降伏穆斯林教徒，拿破仑一手建立了由9名###长老组成的埃及国务会议，又称行政会议，理首都开罗日常行政事务和30万人的公共秩序、税收、公共卫生和粮供应问题——这使开罗人到他们是在自己理自己的事情。

开罗行政会议于7月25日即法军开开罗城的第三天下午3举行“宣誓效忠”法国人的仪式，保证“不任何有损军队利益的事”。拿破仑再三调要尊重埃及宗教信仰和建立良好的公共关系。行政会议立即开始运作，此后每天下午举行日常工作会议。开罗的新卫戍司令迪将军由土耳其人协助负责城市街和市场的治安。埃及治安机构在该国新近征服的省份逐渐建立起来，不同的是，事实上是任命埃及基督教徒的监督官协助军人总督对埃及人行理和开展征收税费等工作，然后又由一名法国籍的替补人他的助手，以便有朝一日可以替军人总督。一共有16名这样的省监督官在开罗总监督官的领导之下工作，总监督官直接受法国人的控制。

作为占领军的首领，拿破仑决定用3手段统治这个国家：用军事手段“安抚”尚未攻占的地区，然后靠军人总督加以巩固；通过宗教和穆斯林首领理地方和宗教事务；直接由拿破仑控制的法国人的行政机构行理。

历山大港的卫戍军司令克莱贝尔将军更清楚的了。

“我们必须放弃任何从海上与法国取得联系的一步努力，将军阁下，”他于8月15日告诉驻守罗塔的梅努将军，“除非英国舰队撤离……因此，将你们的港关闭，耐心等待形势朝有利于我们的方向变化……我们这里随时可能遭到炮轰。”罗塔是尼罗河的两个海之一，也是海军和陆军的重要补给地。失去了法国舰队的保护，仅有600名守军，“既没有大炮、弹药，也没有钱”，这个要地显然是朝不保夕的。于这境地的梅努将军可以说是如坐针毡、焦虑万分，他恳求让自己回到“他的师团，离开这个使他发狂的鬼地方”。但是，即便如此，后来信奉###教改名阿布杜拉的梅努仍然不顾自难保，却为在亚历山大港、直接面对英国舰队威胁、境更为艰难的克莱贝尔打气。他在8月4日的信中写：“你必须振奋神，不要被问题所压倒。”

拿破仑7月22日胜利夺取开罗后，便立即着手组建埃及新政府和行政机构，包括在新近攻克的省份任命军人总督。拿破仑住在厄尔费的廷里，指挥着埃及新政府的组建工作。廷里有带植的园、赛克的泉池和致的土耳其游廊。廷的墙如城堡，其后院一直延伸到尼罗河畔。廷所的地势易守难攻，占据开罗地区最险要的战略位置。在廷周围有许多建筑，贝尔埃和拿破仑的锐卫队就驻扎在廷周围。

拿破仑在开罗的司令尽可能将远征军面临的严峻形势和遭到的破坏程度秘而不宣。在得知布吕埃斯的舰队被击溃的消息后不久，拿破仑给法国驻科孚海峡总督沙博将军写信，命令他协助海军少将维尔纳夫（拿破仑相信他已经顺利逃往科孚海峡）“着手组建一支新的舰队”，以解救埃及远征军。同时，他却若无其事地告诉总督：“这里一切安好无事。”