实际上，拉纳的第五军团在当天的早上就一举攻下了耶拿，普军慌忙逃窜，拿破仑在下午赶到耶拿城北和拉纳会合。拿破仑传令苏尔特和内伊率迅速赶到耶拿，并命令其他各占领耶拿北面的地，在该地上拿破仑备了42门重炮。拿破仑认为布瑞克的军队已全陷包抄，便命令在瑙姆堡西的达武和贝纳多特（以及缪拉的骑兵师）长途急行军赶到阿波尔达以断绝普军后路。10月14日拂晓6，大雾弥漫，拉纳开始攻。拿破仑万没有想到，此时他们面对的只是担任后卫的霍恩洛厄军团，普军主力早已悄悄北撤了。法军一开始就占了上风，霍恩洛厄的几个师遭到沉重的打击。拉纳军继续攻击前。11，内伊军团赶到参战。霍恩洛厄没有抓住机会突围，而是等待瑞歇尔将军的援军到来；可是瑞歇尔的援军却姗姗来迟，在法军发动攻的两小时期间，其损失十分惨重。

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霍恩洛厄意识到法军的力量远远超过了自己，于是命令向北撤退，朝魏玛方向逃跑。到下午3，耶拿战役法军已经稳胜券。一小时后，缪拉在通往魏玛的路上追击普军，奥罗的军团随其后。他们不抓俘虏、不听求饶，见普军就杀，溃逃的普军大多成了法军的刀下之鬼。苏尔特也将普军的其余残全歼灭。

接到达武、奥罗和缪拉送来的大量报告之后，在13日上午9，拿破仑终于意识到整个普军已经向北转移。他立即向达武、拉纳、内伊、苏尔特和贝纳多特发布一连串的命令，好在耶拿决战的准备或是追击逃跑的普军。下午3，正在向耶拿城前的拿破仑接到拉纳的报告，说法军已经占领耶拿城。拿破仑行了最后的战略署，决定将仍然于魏玛附近和耶拿之间的普军主力一网打尽。

10月13日清晨，普军召开军事会议决定不与耶拿附近的法军战，而是转北方。此决定无异于怯阵逃跑，普军士气极为低落；而拿破仑对此毫无觉察，仍期望在16日前与普军决战。拿破仑作战的一大弱就是缺乏可靠的军事情报，特别是在这场战役中，照说他的德意志同盟以及他在柏林和普鲁士军中的直接内应应该能够为他提供及时准确的情报。

）和贝纳多特的一军团，以及缪拉的骑兵团。此外，新成立的莱茵同盟国集结了27；000人保卫各自的边境。所以，实际上拿破仑只有不到10万人。拿破仑面临的普鲁士大军由两个军团和一支独立军组成。两个军团分别由布瑞克公爵和霍恩洛厄亲王指挥，独立军则由瑞歇尔将军指挥。普军总兵力114；500人，拿破仑的兵力96；000人。

到1230分时，拿破仑在前线的兵力已经达到5万多人，而且还有4万多人的后备力量，包括缪拉的骑兵团与内伊和苏尔特从南和西调来的队。法军正式发起攻，将预备队、近卫军和骑兵团全投战斗。

拿破仑命令清理耶拿战役的战果：法军死伤5；000人，普军死伤1万人。直到那天晚些

法军继续前，拿破仑断定敌军主力会集结在吉拉，结果扑了个空。缪拉的骑兵在前探路，达武军瑙姆堡，两翼由拉纳和奥罗率领。弗里德里希和布瑞克仍然在向魏玛发的中途，他们得知法军已经占领了在他们前方的瑙姆堡和莱比锡。

拿破仑的大军朝东北方向的耶拿、瑙姆堡和莱比锡推，寻找普军作战。10月9日，也就是弗里德里希的最后通牒到期的第二天，缪拉和贝纳多特继续军。10日，拉纳的第五军团近萨尔弗尔德城，与该城路德威格亲王的8；300人敌军展开激战，亲王寡不敌众在搏中死于法军的刺刀下，其下逃往布瑞克公爵守护的魏玛或霍恩洛厄亲王守护的耶拿。法军的神速使普军指挥官大为吃惊。