翌年，发生著名的"酸枣会盟"，关东州郡起兵讨伐董卓，推袁绍为盟主。董卓因此恐惧，准备迁都长安。朱儁屡予阻止。董卓为求朱儁支持自己，上表汉献帝提任朱儁为太仆。使者去向朱儁宣示诏命时，朱儁不受，但再次表示反对迁都。

董卓最后还是行迁都长安。留于洛的朱儁，便和山东诸将通谋，表示愿作内应，图除董卓。不想消息，引起董卓戒备。朱儁害怕董卓袭杀自己，弃官逃往荆州，然后传信各个州郡，召请队讨伐董卓。徐州刺史陶谦派来兵三千，并上表奏任朱儁代理车骑将军。董卓派李傕、郭汜率军抵挡朱儁，并击败朱儁。朱儁退至关下，不再前。

公元189年，东汉政坛发生剧变，先是汉灵帝驾崩、继而大将军何被"十常侍"所杀、接着地方军阀京、然后董卓废少帝立献帝等。把持朝政的董卓，表面亲近朱儁，内心则甚忌惮。

伴随黄巾起义，各地不满东汉苛政的农民，争相效仿，纷纷举义，说话大声的就自称"雷公"，骑了一匹白的就自称"张白骑"，行动轻便的就说是"飞燕"，胡须多的就号称"于氏"，大的就说"大目"等，这些民组织，多的二、三万人，小的也有六、七千人，内中有个名叫张燕的领，自称聚众百万，占据黑山，屡侵河内郡，京师。朝廷任命朱儁为河内太守，朱儁不辱使命，扼止了张燕的频繁扰，后来张燕大多被袁绍讨平。此后，朱儁历任光禄大夫、屯骑校尉、城门校尉、河南尹。

翌年，朝廷任命朱儁为右车骑将军。不久召其率兵回京，被任命光禄大夫，增加邑五千，改封钱塘侯，加位特。后因母死离职回家服丧。服毕回归朝廷，任将作大匠，转任少府、太仆。

董卓死后，李傕采信太尉周忠、尚书贾诩的计策，以天之诏征召朱儁朝。陶谦等将皆劝朱儁拒绝，朱儁以"为臣不可违天令"为由，奉诏京接替周忠的太仆之职，录尚书事。两年后，天上现日现象，朱儁被免太仆职，任代理骠骑将军，持节镇抚关东。尚未行时，李傕、郭汜发生内讧，相互攻杀，长安大。李傕劫持汉献帝到自己的营中，献帝命朱儁和太尉杨彪等人去说服郭汜，让他与李傕和解。郭汜不仅拒绝，而且将朱儁、杨彪等扣为人质。朱儁烈，激愤大怒之余，骤然而死。

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时下河南省南市。朝廷派朱儁、荆州刺史徐璆，汇同秦颉，合兵近两万，击宛城，双方拉据半年余，经过斗智斗勇，朱儁最终以少胜多，打败黄巾守军，斩杀首领韩忠。

《全后汉书》有朱儁的作品一篇：《奏上灵怀皇后尊号》。北宋年间成书的《十七史百将传》中，朱儁位列其中。

朱儁儿朱晧，官至豫章太守。另有一说，州刺史朱符应是朱儁长，但因其名声不佳，恐给朱儁形象抹黑，故《后汉书》等未有记载。