军在汉城及周边地区集结了5万多人，兵力上日军有绝对的优势，明军遂退回开城修整。

后来明军得到错误情报，加藤清正率领的日军第二军将从咸镜攻平壤，李如松便率领明军二月十六日离开开城回到了平壤。李成梁的撤军是个错误的决定，撤军导致了盟军朝鲜军队刚刚收复的幸州得而复失。李如松得到幸州失守消息后，悔自己退兵太急。而日本方面的记述是，李如松被日军大败后退回到平壤。事实上，李如松在碧蹄馆之战后败退到开城，完全可以继续修整一段。后来在京的朝鲜使者和明朝言官们都批评了李成梁的此次主动撤退，这也成为李如松日后被弹劾的罪状之一。可见明军并非被日军“击退”，而是主动退却，明军的主力队却并未因碧蹄馆之败受到很大损失。日本史料说，李如松由于元气大伤而无力南。事实上李如松不能南的主要原因是兵力不足，此时明军只有3万多人，几乎没有可能拿下为5万多日军据守的汉城。

后来探知日军的军粮大都存放在龙山大仓后，李如松密令查大受和李如梅率领一支敢死队夜奇袭了龙山大仓。龙山大仓本为朝鲜国仓，积贮了朝鲜数十年的粮，汉城被日军占领后，龙山大仓就成为汉城数万日军的军粮库，后来日军运来的粮都存于此地。明军敢死队到达龙山后，把火箭向粮仓，十三座大仓，数十万石粮，一夜间被烧的净净。李如松夜袭龙山一计，彩堪与官渡之战中曹的夜袭乌巢相比。军粮一失，朝鲜半岛的日军全线被动，陷前所未有的困境。

议和闹剧

至此，中朝军队与日军相持阶段。据《日本战史》的介绍，初朝鲜时日军数量为9万6千余人，当各队重新集结于汉城时，只有不到5万3千人，减员4万3千余人，占总数的百分之四十五。关于减员原因，日本史料的说法是由于土不服，病死占大分。朝鲜和日本同东亚，气候环境较为相似，土不服一说，难以令人置信，况且也没有任何关于瘟疫行的记录。总之本人相信大多数死亡日军应该都死于战事。

日军减员很严重，再加上粮仓被焚，军心越来越不稳。而明军在碧蹄馆之战后锐气受挫，而且兵力少于日军，并不备再次决战的条件。既然双方都不想打，那么就有了和谈的可能。

明朝方面的和谈代表是浙江人沈惟敬。沈惟敬是一个很奇怪的角，他既非明朝官员，又不有外谈判才能。只是由于他长期从事与日本的贸易，并会说一利的日语而被兵尚书石星赏识，临时被封为神机营游击将军军衔，负责议和事宜。正史在介绍沈惟敬时多采用野史笔法，称其为不法商人，无赖。例如《明史－国祚传》提到，国祚曾对当时的兵尚书石星谈到沈惟敬：“此我乡曲无赖，因缘为利耳，公独不计辱国乎？”

早在万历二十年秋，也就是平壤之役前，沈惟敬为兵的全权代表就曾与小西行长谈判议和。小西行长也是商人。两位商人相遇，自然十分对路，谈起军机大事就象谈生意一样讨价还价一番。当时的谈判内容没有任何记录，大致是以大同江为界，江东归日本，江西归朝鲜，明朝对日本行封贡，等等。这个协议并没有通报到层。恰好当时朝中主战派占了上风，李如松遂率领大军一路开向朝鲜。沈惟敬当时被一心主战的李如松扣留在军中。

却说此时明军和日军陷僵局后，以石星为首的主和派又卷土重来，沈惟敬再次受到重用。万历二十一年（1593年）三月十五日，经略宋应昌派沈惟敬至汉城与小西行长达成了四协议：1、明派使节去名护屋会见丰臣秀吉。2、明军撤朝鲜。3、日军从汉城撤军。4、还二王及其被俘官吏。为了监督日军南撤，宋应昌派参将谢用锌、游击徐一贯等带百余随从，同沈惟敬组成明朝使团与日军一南撤。日方有此使团通行，自然也再不担心明军和朝鲜军的追击。

四月十八日，日军全撤离汉城，李如松于十九日率明军及朝鲜军汉城，五月十五日渡汉江至庆州。李如松在庆州对明军、朝鲜军和朝鲜义兵作了署之后，便返回京城。至此，除全罗和庆尚二分沿海地区为日军占领外，其余各地全收复。